Moduł administracyjny stanowi centrum zarządzania aplikacją PUMA.
Moduł ten zawiera wszystkie funkcje związane z konfiguracją całego systemu oraz odpowiada za bezpieczeństwo całej aplikacji. Między innymi zawiera edycję słowników wspólnych dla całej aplikacji, edycję danych jednostki organizacyjnej, archiwizację bazy danych, itp.
W aplikacji PUMA zastosowano bardzo elastyczną metodę przydzielania i definiowania uprawnień dla poszczególnych użytkowników. Umożliwia to łatwe dostosowanie aplikacji do każdej struktury organizacyjnej, zarówno do małych jak i dużych jednostek. Poprzez wyodrębnienie z każdego modułu funkcji i przypisaniu im unikalnego identyfikatora użytkownikowi, uzyskuje się uprawnienia do używania takiej funkcji.
W celu ułatwienia zarządzania uprawnieniami, administrator otrzymuje, zamiast prostych cyfr, ergonomiczny ekran z listą funkcji.
Funkcje można przydzielać poszczególnym użytkownikom. Aplikacja umożliwia przydzielanie i odbieranie dostępu do pojedynczych funkcji.